经过几千年的泥沙淤积及潮起潮落冲击的影响，广州溺谷湾逐渐演变为狮子洋漏斗湾形态。从广州市区到古扶胥镇（今黄埔老港下游约五公里的庙头村）一带，呈东宽西狭状。扶胥镇外是“渺无边际”的狮子洋，广州以西则有西江、北江及其支流汇入广州河口地区。古代的珠江穿城而过，水面异常宽阔，秦汉时期估计超过2000米，被称为“珠海”或“小海”。

宋代《萍洲可谈》记述，“广州市舶亭枕水，在海山楼，正对五洲，其下谓之小海”。这里的“小海”就是指珠江，是与广州城东古扶胥镇处的“大海”(狮子洋)相对应的。宋杨万里诗中的“大海更在小海东，西庙不如东庙雄”，指的就是广州城外的狮子洋和城内的珠江。根据著名地理学家曾昭璇在《广州历史地理》中的分析，最早海船是可直接由狮子洋顺潮驶入广州城的。

据史书记载，秦汉以前，广州城区成陆范围很小，城西北的一个大湖（兰湖）、城南的两个半岛(坡山半岛和番禺半岛)及浮丘湾、海珠湾、海印湾三个(河)海湾组成了广州城区的主要水陆分布格局。浮丘湾位于坡山半岛之西，海珠湾位于坡山半岛与番禺半岛之间，海印湾位于番禺半岛之东。兰湖水系多支聚合流入浮丘湾;古文溪 (甘溪) 两分支分别流入海珠湾及海印湾，广州港历代的内港码头就先后分布在这些大湖和海湾中。

很早以前，广州港就有了内港和外港之分。一般来说，内港靠近城区，外港作为大船或海舶停靠和中转的锚地，分布在离城较远的郊区。2000多年前，汉大夫陆贾出使南越国首次登岸的泥城码头（今西场一带），史料认为那儿是驷马涌靠近珠江边的一个岛，陆贾在此筑简易居所(泥城）作临时驻扎，等候南越王赵佗接见。因此，有学者认为当时泥城也担负着相当于广州外港的角色。同样，南朝时达摩和尚在广州登岸的地点西来初地，以及后来宋代位于花地河出口处的大通古港，因离当时的城区稍远，也带有外港的性质。

然而，古代广州最重要的外港当属位于今黄埔区南海神庙附近的扶胥古港。曾昭璇认为，到了隋唐时代，广州的内港和外港就有着本质上的区别。“由于西、北江及其支流不断流入，大量沙泥淤积在珠江中，心滩、边滩不断产生，把狮子洋漏斗湾顶填狭，成为河道，把河口推移到扶胥镇以东，于是广州就产生了外港的问题”。

当然，内港和外港在功能上的区别的，自然条件的改变是原因之一，还跟国家统治者的管理格局与城市区域经济发展相关。例如，晋代的古斗村码头从开始形成港口到后来成为广州港的外港扶胥港也集中体现了这一规律。扶胥港位于隋朝的南海镇、唐代的扶胥镇附近，隋朝南海神庙的建立是其逐渐兴盛的重要标志。

广州港的内港涵盖了珠江航道以及内湖分布的多个码头，有些是接受海舶停靠、货物集散、进行对外贸易活动的主要场所，有些则是用来停靠西、北江来的内河船只；外港则通常离广州城较远，是海舶暂时停靠和接受市舶检查之所。唐代以后，外港的产生，更与市舶贸易的兴盛、繁荣有着紧密的关联。而随着珠江北岸线的南移，珠江河面的不断缩窄，城南不断淤积成陆，北部通港河道的淤浅及城区的变化发展，广州历代的内港码头位置也随之发生了较大的变化。因此，广州一众内、外港码头的形成是水陆变迁、地区经济的兴衰以及历代政治发展形势演变的结果。